Društvo je obstajalo od 11. 1. 2006 do 15. 5. 2007. Vse večja kompleksnost aktivnosti v javnem interesu, v odnosu do državnih institucij in nenehna vpetost v aktualna dogajanja so, ob naraščajoči potrebi po ureditvi financiranja Združenja, zahtevali tudi formaliziranje pravnega statusa. Tako so bili v januarju 2006 na Ustanovni skupščini sprejeti sklepi o ustanovitvi društva VZMD, njegovem Statutu in predsedniku, od začetka februarja 2006 pa je bilo društvo uradno vpisano v poslovni in davčni register.

V takšnih pogojih je Združenje v maju 2007, z jasnim ciljem kontinuiranega in učinkovitega uresničevanja poslanstva, udejanjanja statutarnih določil ter sprejetih odgovornosti, pristopilo tudi k ustanovitvi neprofitnega zavoda VZMD. V to je bilo praktično primorano tudi spričo skokovitega razmaha in naraščajoče kompleksnosti dejavnosti ter s tem povezane izrazite potrebe po zagotavljanju večje stabilnosti delovanja in širitvi dejavnosti na področja, ki jih društvo kot tako ni več moglo docela ustrezno in zadovoljivo pokrivati.

Tako se je Izvršilni odbor odločil, da pravne osebe, s katerimi je društvo VZMD stalno poslovno sodelovalo oz. je imelo sklenjene pogodbe o sodelovanju, za zagotavljanje kontinuiranega, stabilnega, racionalnejšega in nemotenega izvajanja in opravljanja dejavnosti ter poslanstva VZMD, povabi k ustanovitvi zavoda kot soustanovitelje. Zainteresirane pravne osebe, ki so izpolnjevale opredeljene kriterije, so morale sprejeti s strani društva VZMD predlagani Akt o ustanovitvi zavoda Vseslovensko združenje malih deležnikov ter prispevati ustanovitveni kapital za ustanovitev in začetek dela zavoda VZMD.